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移动通信国家重点实验室
生物电子学国家重点实验室
火电机组振动国家工程研究中心
智慧建造与运维国家地方联合工程研究中心
玄武岩纤维生产及应用技术国家地方联合工程研究中心
光传感通信综合网络国家地方联合工程研究中心
国家专用集成电路系统工程技术研究中心
国家预应力工程技术研究中心
东南大学丘成桐中心
计算机辅助建筑设计（CAAD）国家专业实验室
中国-巴基斯坦重大基础设施智慧防灾“一带一路”联合实验室   
计算机网络和信息集成教育部重点实验室
混凝土及预应力混凝土结构教育部重点实验室
微电子机械系统教育部重点实验室
发育与疾病相关基因教育部重点实验室（部省共建）
复杂工程系统测量与控制教育部重点实验室
环境医学工程教育部重点实验室
能源热转换及其过程测控教育部重点实验室
智能交通运输系统教育部工程研究中心
新型光源技术及装备教育部工程研究中心
射频集成电路与系统教育部工程研究中心
伺服控制技术教育部工程研究中心
低碳型建筑环境设备与系统教育部工程研究中心
江苏省网络与信息安全高技术研究重点实验室
江苏省显示技术工程研究中心
东南大学分析测试中心